Morfogénesis (del griego morphê: forma + génesis creación, “origen de la forma”) es el proceso biológico que lleva a que un organismo desarrolle su forma. Es una de las tres ramas de estudio centrales de la Biología del Desarrollo, junto al Crecimiento celular y la Diferenciación celular.

El proceso controla la distribución espacial organizada de células durante el desarrollo embrionario de un organismo. La morfogénesis también tiene lugar en un organismo maduro, en los cultivo de células o dentro de las masas tumorales. La morfogénesis también describe el desarrollo de formas de vida unicelular que no atraviesan por una etapa embrionaria en sus ciclos de vida, o describe la evolución de una estructura corporal dentro de un grupo taxonómico. Esta perspectiva evolutiva es abordada desde la Biología Evolutiva del Desarrollo (Evo-Devo).

Las respuestas morfogenética pueden ser inducidas por sustancias químicas –llamadas morfógenos–, contaminantes ambientales o por deformaciones espaciales.